##fileformat=VCFv4.0 ##ApplyRecalibration="analysis_type=ApplyRecalibration input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[../combined.phase1.chr1.raw.snps.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION nonDeterministicRandomSeed=false DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false disable_experimental_low_memory_sharding=false logging_level=INFO log_to_file=null help=false recal_file=projectConsensus.withHRun.chr1.tranches.recal 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T G 314.20 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=31;AF=0.0503;AN=616;BaseQRankSum=200.000;BaseQRankSumZ=-11.808;DP=878;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.3664;MQ=79.36;MQ0=0;MQRankSum=35.720;MQRankSumZ=-3.462;QD=2.68;ReadPosRankSum=56.828;ReadPosRankSumZ=-4.604;SB=102.83;VQSLOD=-2.6107;set=ALL12 21 33032617 . C T 54.34 PASS AC=6;AF=0.0091;AN=660;BaseQRankSum=7.642;BaseQRankSumZ=-0.946;DP=877;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2102;MQ=80.34;MQ0=0;MQRankSum=0.036;MQRankSumZ=2.399;QD=2.78;ReadPosRankSum=3.958;ReadPosRankSumZ=-0.248;SB=-59.21;VQSLOD=3.4615;set=ALL12 21 33032857 rs114905802 C T 245.12 PASS AC=9;AF=0.0130;AN=692;BaseQRankSum=21.368;BaseQRankSumZ=-2.442;DB;DP=1821;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2056;MQ=107.08;MQ0=0;MQRankSum=1.162;MQRankSumZ=0.723;QD=5.56;ReadPosRankSum=39.605;ReadPosRankSumZ=-3.696;SB=-190.88;VQSLOD=2.5953;set=ALL12 21 33032895 . C G 152.26 PASS AC=6;AF=0.0083;AN=720;BaseQRankSum=58.356;BaseQRankSumZ=-4.676;DP=1565;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.3012;MQ=114.91;MQ0=0;MQRankSum=0.046;MQRankSumZ=2.304;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.319;ReadPosRankSumZ=0.637;SB=-131.21;VQSLOD=6.4241;set=ALL12 21 33032896 rs17884260 T G 66.67 PASS AC=3;AF=0.0043;AN=692;BaseQRankSum=84.817;BaseQRankSumZ=-5.801;DB;DP=1977;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2693;MQ=105.15;MQ0=0;MQRankSum=0.171;MQRankSumZ=1.766;QD=2.92;ReadPosRankSum=11.094;ReadPosRankSumZ=-1.421;SB=-80.22;VQSLOD=4.9551;set=ALL12 21 33032988 rs6650814 C A 11985.86 PASS AC=129;AF=0.1822;AN=708;BaseQRankSum=0.000;BaseQRankSumZ=14.714;DB;DP=2268;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2612;MQ=113.25;MQ0=0;MQRankSum=5.830;MQRankSumZ=-0.640;QD=17.00;ReadPosRankSum=23.720;ReadPosRankSumZ=-2.632;SB=-4896.73;VQSLOD=7.5766;set=ALL12 21 33033001 rs4816405 C G 30051.70 PASS AC=352;AF=0.3877;AN=908;BaseQRankSum=94.306;BaseQRankSumZ=-6.157;DB;DP=2745;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2333;MQ=114.14;MQ0=0;MQRankSum=0.747;MQRankSumZ=1.003;QD=20.35;ReadPosRankSum=14.877;ReadPosRankSumZ=-1.845;SB=-13678.18;VQSLOD=8.5130;set=ALL12 21 33033026 . G A 46.46 PASS AC=2;AF=0.0041;AN=482;BaseQRankSum=0.615;BaseQRankSumZ=1.117;DP=1670;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2867;MQ=117.60;MQ0=0;MQRankSum=0.092;MQRankSumZ=2.033;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.422;ReadPosRankSumZ=1.325;SB=-30.11;VQSLOD=5.4623;set=ALL12 21 33033070 rs17884040 A G 35.62 PASS AC=3;AF=0.0054;AN=558;BaseQRankSum=38.206;BaseQRankSumZ=-3.613;DB;DP=1565;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2539;MQ=104.49;MQ0=0;MQRankSum=1.084;MQRankSumZ=0.769;QD=5.09;ReadPosRankSum=3.969;ReadPosRankSumZ=-0.251;SB=-37.23;VQSLOD=5.9914;set=ALL12 21 33033082 rs17880795 G C 151.24 PASS AC=2;AF=0.0028;AN=708;BaseQRankSum=5.461;BaseQRankSumZ=-0.570;DB;DP=2318;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2582;MQ=113.37;MQ0=0;MQRankSum=0.223;MQRankSumZ=1.645;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.282;ReadPosRankSumZ=0.657;SB=-48.97;VQSLOD=8.4712;set=ALL12 21 33033399 . A G 12.52 PASS AC=1;AF=0.00093;AN=1070;BaseQRankSum=6.024;BaseQRankSumZ=-0.675;DP=2565;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1925;MQ=114.35;MQ0=0;MQRankSum=2.666;MQRankSumZ=0.104;QD=5.42;ReadPosRankSum=4.384;ReadPosRankSumZ=-0.347;SB=-31.19;VQSLOD=3.1579;set=ALL12 21 33033650 . T A 9.35 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=700;BaseQRankSum=4.637;BaseQRankSumZ=-0.402;DP=1821;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1992;MQ=97.23;MQ0=0;MQRankSum=1.747;MQRankSumZ=0.437;QD=3.43;ReadPosRankSum=8.408;ReadPosRankSumZ=-1.061;SB=1.39;VQSLOD=2.1944;set=ALL12 21 33033723 rs17885219 C T 964.07 PASS AC=36;AF=0.0465;AN=774;BaseQRankSum=2.002;BaseQRankSumZ=0.334;DB;DP=1555;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.1820;MQ=51.03;MQ0=94;MQRankSum=1.428;MQRankSumZ=0.582;QD=9.10;ReadPosRankSum=3.992;ReadPosRankSumZ=-0.256;SB=-594.88;VQSLOD=6.4602;set=ALL12 21 33033828 rs17882967 C T 109.77 PASS AC=7;AF=0.0098;AN=712;BaseQRankSum=0.783;BaseQRankSumZ=0.974;DB;DP=1807;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2930;MQ=60.85;MQ0=106;MQRankSum=0.312;MQRankSumZ=1.482;QD=3.23;ReadPosRankSum=7.150;ReadPosRankSumZ=-0.868;SB=-73.91;VQSLOD=5.6132;set=ALL12 21 33033873 . C G 51.55 PASS AC=1;AF=0.0013;AN=798;BaseQRankSum=12.578;BaseQRankSumZ=-1.596;DP=1746;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2755;MQ=55.55;MQ0=54;MQRankSum=16.720;MQRankSumZ=-2.028;QD=6.16;ReadPosRankSum=6.025;ReadPosRankSumZ=-0.675;SB=-23.89;VQSLOD=3.6353;set=ALL12 21 33034023 . A G 5.50 PASS AC=1;AF=0.00094;AN=1060;BaseQRankSum=12.685;BaseQRankSumZ=-1.608;DP=2402;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1906;MQ=101.23;MQ0=0;MQRankSum=1.088;MQRankSumZ=0.767;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.644;ReadPosRankSumZ=1.090;SB=1.91;VQSLOD=1.6689;set=ALL12 21 33034082 rs17883270 C G 510.75 PASS AC=15;AF=0.0214;AN=700;BaseQRankSum=121.420;BaseQRankSumZ=-7.080;DB;DP=1872;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2138;MQ=111.93;MQ0=0;MQRankSum=0.000;MQRankSumZ=4.477;QD=8.28;ReadPosRankSum=3.273;ReadPosRankSumZ=-0.074;SB=-252.26;VQSLOD=7.2215;set=ALL12 21 33034103 rs17878802 C G 1981.71 PASS AC=38;AF=0.0549;AN=692;BaseQRankSum=0.000;BaseQRankSumZ=5.861;DB;DP=1811;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.1842;MQ=111.66;MQ0=0;MQRankSum=0.000;MQRankSumZ=3.946;QD=10.83;ReadPosRankSum=13.487;ReadPosRankSumZ=-1.697;SB=-964.38;VQSLOD=6.5635;set=ALL12 21 33034171 rs17881807 A G 423.77 PASS AC=8;AF=0.0112;AN=712;BaseQRankSum=28.491;BaseQRankSumZ=-2.986;DB;DP=2120;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2553;MQ=120.80;MQ0=0;MQRankSum=6.039;MQRankSumZ=-0.678;QD=8.39;ReadPosRankSum=3.403;ReadPosRankSumZ=-0.109;SB=-224.92;VQSLOD=7.3418;set=ALL12 21 33034175 . A C 19.29 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=712;BaseQRankSum=15.853;BaseQRankSumZ=-1.943;DP=2120;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2443;MQ=120.34;MQ0=0;MQRankSum=0.447;MQRankSumZ=1.294;QD=4.49;ReadPosRankSum=11.463;ReadPosRankSumZ=-1.465;SB=-28.26;VQSLOD=3.4909;set=ALL12 21 33034245 . A C 107.13 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=702;BaseQRankSum=62.612;BaseQRankSumZ=-4.874;DP=2205;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.3273;MQ=123.13;MQ0=1;MQRankSum=0.768;MQRankSumZ=0.986;QD=6.20;ReadPosRankSum=10.449;ReadPosRankSumZ=-1.340;SB=-71.81;VQSLOD=6.9430;set=ALL12 21 33034279 . C A 63.14 PASS AC=1;AF=0.00091;AN=1098;BaseQRankSum=26.348;BaseQRankSumZ=-2.831;DP=3012;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1693;MQ=125.29;MQ0=0;MQRankSum=6.970;MQRankSumZ=-0.838;QD=10.21;ReadPosRankSum=9.153;ReadPosRankSumZ=-1.167;SB=-56.06;VQSLOD=6.2303;set=ALL12 21 33034370 . A G 119.43 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=702;BaseQRankSum=0.023;BaseQRankSumZ=2.564;DP=2076;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2506;MQ=105.55;MQ0=0;MQRankSum=0.335;MQRankSumZ=1.445;QD=16.72;ReadPosRankSum=3.187;ReadPosRankSumZ=-0.050;SB=-32.94;VQSLOD=8.0134;set=ALL12 21 33034385 . C G 5.36 TruthSensitivityTranche99.87to99.89 AC=1;AF=0.0014;AN=704;BaseQRankSum=3.352;BaseQRankSumZ=-0.095;DP=2034;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2713;MQ=102.85;MQ0=0;MQRankSum=0.448;MQRankSumZ=1.293;QD=0.71;ReadPosRankSum=11.236;ReadPosRankSumZ=-1.438;SB=7.49;VQSLOD=-1.3958;set=ALL12 21 33034448 . C T 183.22 PASS AC=2;AF=0.00186;AN=1078;BaseQRankSum=5.256;BaseQRankSumZ=-0.530;DP=2788;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.1393;MQ=117.48;MQ0=1;MQRankSum=2.806;MQRankSumZ=0.061;QD=10.69;ReadPosRankSum=2.212;ReadPosRankSumZ=0.256;SB=-87.15;VQSLOD=6.1021;set=ALL12 21 33034657 . A G 111.92 PASS AC=2;AF=0.0028;AN=714;BaseQRankSum=22.135;BaseQRankSumZ=-2.505;DP=2617;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2099;MQ=116.17;MQ0=0;MQRankSum=0.658;MQRankSumZ=1.078;QD=8.35;ReadPosRankSum=5.347;ReadPosRankSumZ=-0.548;SB=-69.52;VQSLOD=6.6810;set=ALL12 21 33034731 . A C 59.35 PASS AC=1;AF=0.0011;AN=924;BaseQRankSum=20.757;BaseQRankSumZ=-2.391;DP=2790;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2924;MQ=108.90;MQ0=0;MQRankSum=9.480;MQRankSumZ=-1.212;QD=6.35;ReadPosRankSum=4.760;ReadPosRankSumZ=-0.428;SB=-24.41;VQSLOD=4.2188;set=ALL12 21 33034749 . G A 77.73 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=714;BaseQRankSum=5.893;BaseQRankSumZ=-0.651;DP=2337;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.3410;MQ=107.74;MQ0=0;MQRankSum=0.571;MQRankSumZ=1.160;QD=12.63;ReadPosRankSum=3.075;ReadPosRankSumZ=-0.018;SB=-24.39;VQSLOD=5.0184;set=ALL12 21 33034791 . G T 144.79 PASS AC=5;AF=0.0070;AN=710;BaseQRankSum=20.629;BaseQRankSumZ=-2.380;DP=2263;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.4875;MQ=123.03;MQ0=0;MQRankSum=27.688;MQRankSumZ=-2.928;QD=4.01;ReadPosRankSum=15.220;ReadPosRankSumZ=-1.880;SB=-113.41;VQSLOD=1.1316;set=ALL12 21 33034892 rs4998557 G A 27796.17 PASS AC=354;AF=0.3933;AN=900;BaseQRankSum=29.273;BaseQRankSumZ=-3.040;DB;DP=2604;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2250;MQ=114.54;MQ0=0;MQRankSum=4.258;MQRankSumZ=-0.318;QD=19.25;ReadPosRankSum=12.090;ReadPosRankSumZ=-1.540;SB=-11515.51;VQSLOD=8.8298;set=ALL12 21 33035007 . T C 13.55 PASS AC=2;AF=0.0028;AN=704;BaseQRankSum=3.645;BaseQRankSumZ=-0.171;DP=1987;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2736;MQ=99.96;MQ0=0;MQRankSum=0.102;MQRankSumZ=1.991;QD=2.17;ReadPosRankSum=3.255;ReadPosRankSumZ=-0.069;SB=13.54;VQSLOD=2.2349;set=ALL12 21 33035107 . C T 48.93 PASS AC=3;AF=0.0044;AN=686;BaseQRankSum=2.234;BaseQRankSumZ=0.248;DP=1585;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2635;MQ=50.18;MQ0=81;MQRankSum=5.716;MQRankSumZ=-0.618;QD=3.27;ReadPosRankSum=2.505;ReadPosRankSumZ=0.155;SB=-17.77;VQSLOD=2.3998;set=ALL12 21 33035185 . G A 72.07 PASS AC=6;AF=0.0069;AN=874;BaseQRankSum=0.002;BaseQRankSumZ=3.305;DP=1817;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1904;MQ=54.55;MQ0=177;MQRankSum=15.362;MQRankSumZ=-1.894;QD=1.99;ReadPosRankSum=2.962;ReadPosRankSumZ=0.014;SB=-4.63;VQSLOD=-0.0995;set=ALL12 21 33035381 . G C 10.45 PASS AC=3;AF=0.0034;AN=882;BaseQRankSum=13.644;BaseQRankSumZ=-1.715;DP=2189;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.3119;MQ=99.94;MQ0=0;MQRankSum=11.520;MQRankSumZ=-1.472;QD=0.51;ReadPosRankSum=1.131;ReadPosRankSumZ=0.742;SB=-31.98;VQSLOD=-0.8146;set=ALL12 21 33035601 . T C 125.12 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=13;AF=0.0187;AN=694;BaseQRankSum=69.208;BaseQRankSumZ=-5.165;DP=1554;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2263;MQ=45.97;MQ0=107;MQRankSum=35.222;MQRankSumZ=-3.431;QD=0.92;ReadPosRankSum=27.271;ReadPosRankSumZ=-2.899;SB=32.34;VQSLOD=-2.0383;set=ALL12 21 33035611 . C T 114.62 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=19;AF=0.0217;AN=874;BaseQRankSum=1.548;BaseQRankSumZ=0.525;DP=1918;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2539;MQ=52.00;MQ0=119;MQRankSum=36.885;MQRankSumZ=-3.534;QD=0.52;ReadPosRankSum=8.239;ReadPosRankSumZ=-1.036;SB=46.06;VQSLOD=-3.2277;set=ALL12 21 33035656 rs116260263 A G 117.13 PASS AC=2;AF=0.0030;AN=672;BaseQRankSum=53.210;BaseQRankSumZ=-4.427;DB;DP=1941;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2976;MQ=56.79;MQ0=28;MQRankSum=7.150;MQRankSumZ=-0.868;QD=6.10;ReadPosRankSum=13.000;ReadPosRankSumZ=-1.644;SB=-109.98;VQSLOD=4.6427;set=ALL12 21 33035730 . A G 173.12 PASS AC=1;AF=0.0015;AN=650;BaseQRankSum=5.845;BaseQRankSumZ=-0.642;DP=2189;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.3206;MQ=66.89;MQ0=1;MQRankSum=0.133;MQRankSumZ=1.878;QD=15.49;ReadPosRankSum=1.270;ReadPosRankSumZ=0.663;SB=-28.95;VQSLOD=7.3998;set=ALL12 21 33035740 . T G 27.70 PASS AC=1;AF=0.00094;AN=1068;BaseQRankSum=8.307;BaseQRankSumZ=-1.046;DP=2796;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1942;MQ=79.54;MQ0=1;MQRankSum=0.876;MQRankSumZ=0.905;QD=4.32;ReadPosRankSum=8.762;ReadPosRankSumZ=-1.112;SB=9.68;VQSLOD=4.4588;set=ALL12 21 33035963 rs17884233 G C 2211.92 PASS AC=40;AF=0.0585;AN=684;BaseQRankSum=34.100;BaseQRankSumZ=-3.360;DB;DP=2072;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.3000;MQ=101.50;MQ0=0;MQRankSum=0.000;MQRankSumZ=5.133;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.249;ReadPosRankSumZ=1.591;SB=-1091.94;VQSLOD=7.4181;set=ALL12 21 33035995 rs16988404 T A 1978.35 PASS AC=41;AF=0.03761;AN=1090;BaseQRankSum=52.379;BaseQRankSumZ=-4.386;DB;DP=2750;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2386;MQ=113.60;MQ0=0;MQRankSum=2.960;MQRankSumZ=0.015;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.775;ReadPosRankSumZ=0.980;SB=-1414.33;VQSLOD=7.7157;set=ALL12 21 33036391 rs10432782 T G 19342.56 PASS AC=344;AF=0.3891;AN=884;BaseQRankSum=200.000;BaseQRankSumZ=-14.099;DB;DP=2032;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2090;MQ=62.01;MQ0=2;MQRankSum=4.820;MQRankSumZ=-0.441;QD=18.20;ReadPosRankSum=14.692;ReadPosRankSumZ=-1.826;SB=-10011.10;VQSLOD=8.0674;set=ALL12 21 33036441 . C T 52.16 PASS AC=2;AF=0.0030;AN=656;BaseQRankSum=0.002;BaseQRankSumZ=3.309;DP=1788;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2993;MQ=55.09;MQ0=40;MQRankSum=0.088;MQRankSumZ=2.051;QD=6.65;ReadPosRankSum=15.433;ReadPosRankSumZ=-1.901;SB=-31.76;VQSLOD=6.1505;set=ALL12 21 33036476 . G T 396.98 PASS AC=12;AF=0.0176;AN=680;BaseQRankSum=12.837;BaseQRankSumZ=-1.625;DP=1828;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2206;MQ=54.67;MQ0=28;MQRankSum=0.000;MQRankSumZ=4.468;QD=7.73;ReadPosRankSum=9.846;ReadPosRankSumZ=-1.261;SB=-228.61;VQSLOD=6.5777;set=ALL12 21 33036493 . C T 400.07 PASS AC=12;AF=0.0177;AN=678;BaseQRankSum=0.008;BaseQRankSumZ=2.901;DP=1885;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2591;MQ=54.99;MQ0=47;MQRankSum=0.087;MQRankSumZ=2.057;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.626;ReadPosRankSumZ=1.107;SB=-174.40;VQSLOD=7.4470;set=ALL12 21 33036529 . A G 64.65 PASS AC=2;AF=0.0029;AN=688;BaseQRankSum=48.230;BaseQRankSumZ=-4.173;DP=2021;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.3241;MQ=56.87;MQ0=7;MQRankSum=2.881;MQRankSumZ=0.038;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.300;ReadPosRankSumZ=1.500;SB=-80.80;VQSLOD=4.8415;set=ALL12 21 33036561 . C G 59.41 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=698;BaseQRankSum=6.203;BaseQRankSumZ=-0.707;DP=2200;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2135;MQ=62.41;MQ0=47;MQRankSum=0.192;MQRankSumZ=1.714;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.866;ReadPosRankSumZ=0.387;SB=-48.83;VQSLOD=7.2195;set=ALL12 21 33036899 rs17880490 G A 726.68 PASS AC=10;AF=0.0144;AN=694;BaseQRankSum=0.034;BaseQRankSumZ=2.413;DB;DP=2277;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1974;MQ=114.21;MQ0=0;MQRankSum=0.186;MQRankSumZ=1.728;QD=8.86;ReadPosRankSum=3.855;ReadPosRankSumZ=-0.223;SB=-420.50;VQSLOD=8.1919;set=ALL12 21 33036950 . G C 12.36 PASS AC=1;AF=0.0011;AN=876;BaseQRankSum=1.709;BaseQRankSumZ=0.453;DP=2179;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2236;MQ=54.69;MQ0=59;MQRankSum=0.426;MQRankSumZ=1.320;QD=3.41;ReadPosRankSum=3.265;ReadPosRankSumZ=-0.071;SB=1.18;VQSLOD=2.7267;set=ALL12 21 33036954 rs17886025 C T 76.35 PASS AC=2;AF=0.0030;AN=656;BaseQRankSum=0.014;BaseQRankSumZ=2.731;DB;DP=1771;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2310;MQ=54.34;MQ0=58;MQRankSum=2.981;MQRankSumZ=0.008;QD=6.49;ReadPosRankSum=5.138;ReadPosRankSumZ=-0.506;SB=-85.09;VQSLOD=7.8778;set=ALL12 21 33037032 rs17883461 T C 60.84 PASS AC=2;AF=0.0041;AN=482;BaseQRankSum=25.628;BaseQRankSumZ=-2.778;DB;DP=1062;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1960;MQ=48.75;MQ0=99;MQRankSum=4.661;MQRankSumZ=-0.407;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.846;ReadPosRankSumZ=0.395;SB=-16.86;VQSLOD=5.7872;set=ALL12 21 33037089 . G A 19.12 PASS AC=5;AF=0.0074;AN=676;BaseQRankSum=0.441;BaseQRankSumZ=1.301;DP=1837;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2809;MQ=47.10;MQ0=309;MQRankSum=0.735;MQRankSumZ=1.012;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.831;ReadPosRankSumZ=0.938;SB=-34.41;VQSLOD=1.8682;set=ALL12 21 33037143 . A G 153.58 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=22;AF=0.0225;AN=976;BaseQRankSum=23.893;BaseQRankSumZ=-2.645;DP=1972;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.1877;MQ=60.92;MQ0=48;MQRankSum=200.000;MQRankSumZ=-9.110;QD=1.37;ReadPosRankSum=108.874;ReadPosRankSumZ=-6.668;SB=-118.87;VQSLOD=-5.0665;set=ALL12 21 33037150 rs17886606 C G 544.25 PASS AC=16;AF=0.0241;AN=664;BaseQRankSum=17.977;BaseQRankSumZ=-2.146;DB;DP=1450;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.3635;MQ=53.64;MQ0=17;MQRankSum=0.005;MQRankSumZ=3.030;QD=6.89;ReadPosRankSum=1.507;ReadPosRankSumZ=0.544;SB=-350.51;VQSLOD=7.1443;set=ALL12 21 33037171 . C A 291.24 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=43;AF=0.0444;AN=968;BaseQRankSum=0.000;BaseQRankSumZ=4.659;DP=1845;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2265;MQ=61.48;MQ0=75;MQRankSum=200.000;MQRankSumZ=-10.078;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.000;ReadPosRankSumZ=7.190;SB=-125.63;VQSLOD=-5.3865;set=ALL12 21 33037175 . T A 293.23 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=40;AF=0.0416;AN=962;BaseQRankSum=8.789;BaseQRankSumZ=-1.116;DP=1876;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2252;MQ=61.88;MQ0=86;MQRankSum=200.000;MQRankSumZ=-10.655;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.000;ReadPosRankSumZ=8.149;SB=-123.71;VQSLOD=-5.3895;set=ALL12 21 33037177 . T C 341.43 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=46;AF=0.0486;AN=946;BaseQRankSum=22.674;BaseQRankSumZ=-2.549;DP=1871;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2479;MQ=62.04;MQ0=89;MQRankSum=200.000;MQRankSumZ=-10.596;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.000;ReadPosRankSumZ=7.165;SB=-134.87;VQSLOD=-4.5666;set=ALL12 21 33037346 rs76067554 C G 375.49 PASS AC=14;AF=0.0159;AN=880;BaseQRankSum=66.807;BaseQRankSumZ=-5.061;DB;DP=1995;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.1907;MQ=106.51;MQ0=0;MQRankSum=2.292;MQRankSumZ=0.227;QD=5.83;ReadPosRankSum=6.788;ReadPosRankSumZ=-0.808;SB=-266.18;VQSLOD=4.3990;set=ALL12 21 33037481 . A T 56.83 PASS AC=2;AF=0.0026;AN=768;BaseQRankSum=2.478;BaseQRankSumZ=0.164;DP=1710;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1903;MQ=61.66;MQ0=1;MQRankSum=0.247;MQRankSumZ=1.596;QD=2.83;ReadPosRankSum=6.542;ReadPosRankSumZ=-0.766;SB=-156.56;VQSLOD=1.1146;set=ALL12 21 33037482 rs9967983 A T 26513.94 PASS AC=516;AF=0.6898;AN=748;BaseQRankSum=50.364;BaseQRankSumZ=-4.284;DB;DP=1698;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=0.1783;MQ=58.74;MQ0=1;MQRankSum=0.000;MQRankSumZ=6.835;QD=19.89;ReadPosRankSum=15.394;ReadPosRankSumZ=-1.898;SB=-17774.29;VQSLOD=1.4572;set=ALL12 21 33037564 rs11567845 A G 21213.74 PASS AC=301;AF=0.29452;AN=1022;BaseQRankSum=200.000;BaseQRankSumZ=-11.076;DB;DP=2197;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2024;MQ=107.60;MQ0=0;MQRankSum=13.625;MQRankSumZ=-1.713;QD=18.77;ReadPosRankSum=1.046;ReadPosRankSumZ=0.792;SB=-8448.14;VQSLOD=7.8365;set=ALL12 21 33037633 . T G 30.59 PASS AC=1;AF=0.0011;AN=910;BaseQRankSum=25.487;BaseQRankSumZ=-2.767;DP=2522;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2013;MQ=119.14;MQ0=0;MQRankSum=0.168;MQRankSumZ=1.775;QD=5.66;ReadPosRankSum=10.034;ReadPosRankSumZ=-1.286;SB=1.04;VQSLOD=2.7599;set=ALL12 21 33037638 rs78694163 A G 406.46 PASS AC=5;AF=0.0054;AN=918;BaseQRankSum=52.137;BaseQRankSumZ=-4.374;DB;DP=2558;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2238;MQ=115.51;MQ0=0;MQRankSum=8.640;MQRankSumZ=-1.095;QD=12.36;ReadPosRankSum=12.049;ReadPosRankSumZ=-1.535;SB=-268.86;VQSLOD=5.8758;set=ALL12 21 33037786 . G A 140.90 PASS AC=3;AF=0.0065;AN=464;BaseQRankSum=0.002;BaseQRankSumZ=3.331;DP=1273;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2379;MQ=126.47;MQ0=0;MQRankSum=1.428;MQRankSumZ=0.582;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.046;ReadPosRankSumZ=2.306;SB=-17.98;VQSLOD=5.3210;set=ALL12 21 33037870 rs17885303 C T 391.66 PASS AC=11;AF=0.01058;AN=1040;BaseQRankSum=0.000;BaseQRankSumZ=3.979;DB;DP=2521;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2700;MQ=99.96;MQ0=0;MQRankSum=0.074;MQRankSumZ=2.123;QD=6.68;ReadPosRankSum=4.020;ReadPosRankSumZ=-0.263;SB=-330.52;VQSLOD=8.4928;set=ALL12 21 33037876 . T C 54.24 PASS AC=1;AF=0.0022;AN=452;BaseQRankSum=27.538;BaseQRankSumZ=-2.918;DP=1124;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.1646;MQ=104.75;MQ0=0;MQRankSum=0.651;MQRankSumZ=1.084;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.775;ReadPosRankSumZ=0.425;SB=7.21;VQSLOD=4.8793;set=ALL12 21 33037958 rs118132937 C T 311.19 PASS AC=11;AF=0.01034;AN=1064;BaseQRankSum=0.000;BaseQRankSumZ=4.132;DB;DP=2794;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2162;MQ=101.11;MQ0=0;MQRankSum=0.002;MQRankSumZ=3.336;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.616;ReadPosRankSumZ=1.116;SB=-213.50;VQSLOD=7.0702;set=ALL12 21 33038065 . A G 21.70 PASS AC=2;AF=0.0028;AN=704;BaseQRankSum=3.170;BaseQRankSumZ=-0.045;DP=2154;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2690;MQ=115.12;MQ0=0;MQRankSum=0.642;MQRankSumZ=1.092;QD=2.35;ReadPosRankSum=4.438;ReadPosRankSumZ=-0.359;SB=-32.29;VQSLOD=0.8871;set=ALL12 21 33038142 . T C 57.54 PASS AC=1;AF=0.0011;AN=916;BaseQRankSum=32.147;BaseQRankSumZ=-3.234;DP=2744;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2475;MQ=128.29;MQ0=0;MQRankSum=10.108;MQRankSumZ=-1.296;QD=4.61;ReadPosRankSum=12.893;ReadPosRankSumZ=-1.632;SB=-48.81;VQSLOD=5.4255;set=ALL12 21 33038188 . A G 77.98 PASS AC=3;AF=0.0041;AN=730;BaseQRankSum=26.754;BaseQRankSumZ=-2.861;DP=1535;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2010;MQ=133.80;MQ0=0;MQRankSum=0.882;MQRankSumZ=0.901;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.136;ReadPosRankSumZ=1.867;SB=-40.24;VQSLOD=5.0100;set=ALL12 21 33038347 rs8133032 C A 12406.86 PASS AC=249;AF=0.3588;AN=694;BaseQRankSum=0.000;BaseQRankSumZ=16.677;DB;DP=1539;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.3167;MQ=45.53;MQ0=121;MQRankSum=60.083;MQRankSumZ=-4.757;QD=17.50;ReadPosRankSum=0.790;ReadPosRankSumZ=0.969;SB=-6458.15;VQSLOD=5.4291;set=ALL12 21 33038402 . A T 136.06 PASS AC=4;AF=0.0041;AN=980;BaseQRankSum=13.835;BaseQRankSumZ=-1.735;DP=2343;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2268;MQ=56.86;MQ0=91;MQRankSum=11.279;MQRankSumZ=-1.443;QD=4.47;ReadPosRankSum=8.682;ReadPosRankSumZ=-1.101;SB=-26.80;VQSLOD=4.5783;set=ALL12 21 33038432 . G A 104.73 PASS AC=2;AF=0.0021;AN=956;BaseQRankSum=0.253;BaseQRankSumZ=1.584;DP=2298;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2471;MQ=58.79;MQ0=52;MQRankSum=0.068;MQRankSumZ=2.154;QD=9.29;ReadPosRankSum=2.204;ReadPosRankSumZ=0.259;SB=-11.13;VQSLOD=7.5784;set=ALL12 21 33038566 . T A 70.32 PASS AC=1;AF=0.0011;AN=872;BaseQRankSum=30.359;BaseQRankSumZ=-3.115;DP=2039;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4019;MQ=61.44;MQ0=9;MQRankSum=7.441;MQRankSumZ=-0.914;QD=8.53;ReadPosRankSum=4.249;ReadPosRankSumZ=-0.316;SB=-30.19;VQSLOD=5.0536;set=ALL12 21 33038575 . C G 103.01 PASS AC=1;AF=0.0015;AN=686;BaseQRankSum=0.068;BaseQRankSumZ=2.155;DP=1685;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.3761;MQ=73.22;MQ0=6;MQRankSum=0.128;MQRankSumZ=1.894;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.086;ReadPosRankSumZ=2.060;SB=-59.76;VQSLOD=5.8494;set=ALL12 21 33038581 . C T 125.21 PASS AC=1;AF=0.0021;AN=468;BaseQRankSum=0.028;BaseQRankSumZ=2.486;DP=1182;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2024;MQ=80.82;MQ0=2;MQRankSum=3.365;MQRankSumZ=-0.098;QD=13.75;ReadPosRankSum=4.209;ReadPosRankSumZ=-0.307;SB=-73.95;VQSLOD=6.4777;set=ALL12 21 33038629 . G C 62.79 PASS AC=3;AF=0.0033;AN=910;BaseQRankSum=2.262;BaseQRankSumZ=0.238;DP=2407;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.3390;MQ=97.61;MQ0=1;MQRankSum=0.289;MQRankSumZ=1.519;QD=3.78;ReadPosRankSum=4.582;ReadPosRankSumZ=-0.390;SB=-62.50;VQSLOD=5.7429;set=ALL12 21 33038675 rs17883998 T C 26.48 PASS AC=2;AF=0.0028;AN=712;BaseQRankSum=46.773;BaseQRankSumZ=-4.096;DB;DP=2297;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2496;MQ=116.23;MQ0=0;MQRankSum=0.459;MQRankSumZ=1.279;QD=2.31;ReadPosRankSum=3.421;ReadPosRankSumZ=-0.113;SB=-33.44;VQSLOD=3.9863;set=ALL12 21 33038706 rs77112488 T C 35.41 PASS AC=1;AF=0.0011;AN=922;BaseQRankSum=45.224;BaseQRankSumZ=-4.013;DB;DP=2708;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2669;MQ=110.31;MQ0=0;MQRankSum=1.928;MQRankSumZ=0.363;QD=2.77;ReadPosRankSum=13.722;ReadPosRankSumZ=-1.723;SB=-44.29;VQSLOD=3.4889;set=ALL12 21 33038742 rs17885833 T C 486.79 PASS AC=14;AF=0.0198;AN=706;BaseQRankSum=42.326;BaseQRankSumZ=-3.852;DB;DP=2206;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.3455;MQ=93.07;MQ0=0;MQRankSum=3.071;MQRankSumZ=-0.018;QD=5.59;ReadPosRankSum=2.235;ReadPosRankSumZ=0.247;SB=-286.04;VQSLOD=7.4185;set=ALL12 21 33038865 rs2234694 A C 1613.49 PASS AC=41;AF=0.03748;AN=1094;BaseQRankSum=37.041;BaseQRankSumZ=-3.543;DB;DP=2954;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2216;MQ=125.87;MQ0=0;MQRankSum=0.000;MQRankSumZ=5.680;QD=9.17;ReadPosRankSum=5.774;ReadPosRankSumZ=-0.629;SB=-845.36;VQSLOD=6.8505;set=ALL12 21 33039038 . C T 39.80 PASS AC=1;AF=0.0021;AN=474;BaseQRankSum=0.345;BaseQRankSumZ=1.430;DP=1552;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2110;MQ=128.07;MQ0=1;MQRankSum=0.091;MQRankSumZ=2.039;QD=6.42;ReadPosRankSum=4.681;ReadPosRankSumZ=-0.412;SB=-28.85;VQSLOD=6.3132;set=ALL12 21 33039039 rs77319474 G A 603.88 PASS AC=7;AF=0.0100;AN=700;BaseQRankSum=0.000;BaseQRankSumZ=4.253;DB;DP=2160;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2274;MQ=124.46;MQ0=1;MQRankSum=0.804;MQRankSumZ=0.958;QD=11.60;ReadPosRankSum=15.660;ReadPosRankSumZ=-1.924;SB=-382.44;VQSLOD=5.9735;set=ALL12 21 33039074 rs17885634 A G 2431.15 PASS AC=41;AF=0.0581;AN=706;BaseQRankSum=200.000;BaseQRankSumZ=-8.758;DB;DP=2227;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2769;MQ=127.91;MQ0=1;MQRankSum=0.207;MQRankSumZ=1.680;QD=9.69;ReadPosRankSum=3.771;ReadPosRankSumZ=-0.203;SB=-1395.24;VQSLOD=8.0940;set=ALL12 21 33039206 . G A 69.09 PASS AC=1;AF=0.0022;AN=462;BaseQRankSum=1.933;BaseQRankSumZ=0.360;DP=1312;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2873;MQ=81.26;MQ0=0;MQRankSum=2.964;MQRankSumZ=0.013;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.954;ReadPosRankSumZ=0.852;SB=10.42;VQSLOD=6.1068;set=ALL12 21 33039320 rs2070424 A G 24954.10 PASS AC=342;AF=0.3717;AN=920;BaseQRankSum=200.000;BaseQRankSumZ=-30.144;DB;DP=2641;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2593;MQ=100.91;MQ0=0;MQRankSum=1.048;MQRankSumZ=0.791;QD=17.89;ReadPosRankSum=7.647;ReadPosRankSumZ=-0.947;SB=-11677.59;VQSLOD=8.2996;set=ALL12 21 33039407 . A G 56.73 PASS AC=2;AF=0.0022;AN=918;BaseQRankSum=38.980;BaseQRankSumZ=-3.659;DP=2707;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2312;MQ=103.38;MQ0=0;MQRankSum=0.150;MQRankSumZ=1.826;QD=4.82;ReadPosRankSum=15.473;ReadPosRankSumZ=-1.905;SB=-49.16;VQSLOD=5.4854;set=ALL12 21 33039506 rs112989936 C G 71.54 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=712;BaseQRankSum=1.525;BaseQRankSumZ=0.535;DB;DP=2398;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2437;MQ=113.13;MQ0=0;MQRankSum=1.282;MQRankSumZ=0.657;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.049;ReadPosRankSumZ=2.281;SB=-33.16;VQSLOD=6.4672;set=ALL12 21 33039603 rs80265967 A C 24.77 PASS AC=2;AF=0.00182;AN=1098;BaseQRankSum=25.046;BaseQRankSumZ=-2.734;DB;DP=3075;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2198;MQ=109.71;MQ0=0;MQRankSum=1.046;MQRankSumZ=0.792;QD=2.37;ReadPosRankSum=26.239;ReadPosRankSumZ=-2.823;SB=-53.89;VQSLOD=1.4722;set=ALL12 21 33039697 rs17886692 T C 29.04 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=708;BaseQRankSum=8.007;BaseQRankSumZ=-1.002;DB;DP=2383;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2946;MQ=112.32;MQ0=0;MQRankSum=1.355;MQRankSumZ=0.619;QD=3.42;ReadPosRankSum=2.986;ReadPosRankSumZ=0.007;SB=-21.09;VQSLOD=4.0609;set=ALL12 21 33039826 . T C 202.24 PASS AC=2;AF=0.0022;AN=920;BaseQRankSum=7.572;BaseQRankSumZ=-0.935;DP=2893;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2522;MQ=106.98;MQ0=0;MQRankSum=1.566;MQRankSumZ=0.517;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.172;ReadPosRankSumZ=1.766;SB=-122.88;VQSLOD=7.0813;set=ALL12 21 33039917 rs76734991 C T 222.22 PASS AC=3;AF=0.0042;AN=706;BaseQRankSum=0.213;BaseQRankSumZ=1.666;DB;DP=2383;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2944;MQ=110.98;MQ0=0;MQRankSum=1.357;MQRankSumZ=0.618;QD=9.43;ReadPosRankSum=14.595;ReadPosRankSumZ=-1.816;SB=-113.05;VQSLOD=6.9997;set=ALL12 21 33040004 rs17883234 T G 5560.85 PASS AC=59;AF=0.0831;AN=710;BaseQRankSum=200.000;BaseQRankSumZ=-8.918;DB;DP=2159;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.2361;MQ=104.25;MQ0=0;MQRankSum=0.368;MQRankSumZ=1.397;QD=16.55;ReadPosRankSum=4.620;ReadPosRankSumZ=-0.398;SB=-2452.79;VQSLOD=7.9589;set=ALL12 21 33040029 rs4816407 A G 26743.14 PASS AC=339;AF=0.3758;AN=902;BaseQRankSum=200.000;BaseQRankSumZ=-12.109;DB;DP=2508;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2392;MQ=99.48;MQ0=0;MQRankSum=1.852;MQRankSumZ=0.393;QD=19.68;ReadPosRankSum=3.058;ReadPosRankSumZ=-0.014;SB=-12851.21;VQSLOD=9.1154;set=ALL12 21 33040063 rs117466144 T C 146.65 PASS AC=2;AF=0.0022;AN=910;BaseQRankSum=51.071;BaseQRankSumZ=-4.320;DB;DP=2676;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.1259;MQ=98.10;MQ0=0;MQRankSum=6.326;MQRankSumZ=-0.729;QD=5.92;ReadPosRankSum=12.984;ReadPosRankSumZ=-1.642;SB=-107.12;VQSLOD=5.1038;set=ALL12 21 33040157 rs17881732 C A 1043.56 PASS AC=21;AF=0.01892;AN=1110;BaseQRankSum=0.001;BaseQRankSumZ=3.652;DB;DP=2922;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.2452;MQ=119.75;MQ0=0;MQRankSum=0.288;MQRankSumZ=1.521;QD=9.40;ReadPosRankSum=2.204;ReadPosRankSumZ=0.258;SB=-596.32;VQSLOD=5.7364;set=ALL12 21 33040162 rs1041740 C T 26489.58 PASS AC=327;AF=0.29781;AN=1098;BaseQRankSum=0.000;BaseQRankSumZ=7.352;DB;DP=2890;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2256;MQ=117.51;MQ0=0;MQRankSum=0.003;MQRankSumZ=3.158;QD=17.75;ReadPosRankSum=2.055;ReadPosRankSumZ=0.314;SB=-11836.43;VQSLOD=9.4241;set=ALL12 21 33040357 . C T 9.08 PASS AC=1;AF=0.00094;AN=1064;BaseQRankSum=2.704;BaseQRankSumZ=0.092;DP=2903;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.1600;MQ=126.72;MQ0=1;MQRankSum=0.478;MQRankSumZ=1.258;QD=0.90;ReadPosRankSum=5.706;ReadPosRankSumZ=-0.617;SB=-32.22;VQSLOD=0.0906;set=ALL12 21 33040365 . T C 96.50 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=704;BaseQRankSum=28.724;BaseQRankSumZ=-3.002;DP=2170;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2562;MQ=120.42;MQ0=0;MQRankSum=0.007;MQRankSumZ=2.935;QD=5.92;ReadPosRankSum=3.098;ReadPosRankSumZ=-0.025;SB=-43.82;VQSLOD=6.6750;set=ALL12 21 33040371 rs4817420 C T 28773.95 PASS AC=314;AF=0.3466;AN=906;BaseQRankSum=0.000;BaseQRankSumZ=28.404;DB;DP=2570;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1801;MQ=118.18;MQ0=0;MQRankSum=1.564;MQRankSumZ=0.517;QD=20.94;ReadPosRankSum=7.816;ReadPosRankSumZ=-0.973;SB=-13708.63;VQSLOD=8.8380;set=ALL12 21 33040475 . G T 106.80 PASS AC=4;AF=0.0057;AN=702;BaseQRankSum=11.629;BaseQRankSumZ=-1.485;DP=1931;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2383;MQ=113.98;MQ0=0;MQRankSum=1.017;MQRankSumZ=0.811;QD=4.64;ReadPosRankSum=9.348;ReadPosRankSumZ=-1.194;SB=-73.64;VQSLOD=6.4553;set=ALL12 21 33040497 . G A 37.72 PASS AC=1;AF=0.0011;AN=912;BaseQRankSum=0.032;BaseQRankSumZ=2.439;DP=2522;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.1909;MQ=121.04;MQ0=0;MQRankSum=26.178;MQRankSumZ=-2.819;QD=3.94;ReadPosRankSum=2.645;ReadPosRankSumZ=0.110;SB=9.95;VQSLOD=2.9614;set=ALL12 21 33040511 rs17884462 G A 369.86 PASS AC=7;AF=0.0099;AN=710;BaseQRankSum=0.000;BaseQRankSumZ=4.376;DB;DP=2058;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2157;MQ=123.67;MQ0=0;MQRankSum=0.509;MQRankSumZ=1.223;QD=7.47;ReadPosRankSum=5.057;ReadPosRankSumZ=-0.490;SB=-253.34;VQSLOD=8.2338;set=ALL12 21 33040596 rs17880044 T C 164.41 PASS AC=2;AF=0.0028;AN=710;BaseQRankSum=5.876;BaseQRankSumZ=-0.648;DB;DP=2223;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.2127;MQ=129.10;MQ0=0;MQRankSum=0.039;MQRankSumZ=2.368;QD=10.58;ReadPosRankSum=3.780;ReadPosRankSumZ=-0.205;SB=-46.08;VQSLOD=8.2957;set=ALL12 21 33040654 rs117304270 G C 234.39 PASS AC=5;AF=0.00460;AN=1088;BaseQRankSum=1.003;BaseQRankSumZ=0.819;DB;DP=2669;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1669;MQ=107.46;MQ0=0;MQRankSum=0.995;MQRankSumZ=0.825;QD=8.37;ReadPosRankSum=15.684;ReadPosRankSumZ=-1.927;SB=-172.15;VQSLOD=6.5007;set=ALL12 21 33041044 . T G 11.35 TruthSensitivityTranche99.90to100.00 AC=1;AF=0.00093;AN=1076;BaseQRankSum=33.026;BaseQRankSumZ=-3.292;DP=3001;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.1376;MQ=99.05;MQ0=0;MQRankSum=8.531;MQRankSumZ=-1.079;QD=0.97;ReadPosRankSum=4.397;ReadPosRankSumZ=-0.350;SB=19.32;VQSLOD=-2.0133;set=ALL12 21 33041208 . T C 85.73 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=700;BaseQRankSum=16.610;BaseQRankSumZ=-2.017;DP=2043;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1652;MQ=114.63;MQ0=0;MQRankSum=0.497;MQRankSumZ=1.236;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.670;ReadPosRankSumZ=0.470;SB=3.96;VQSLOD=6.9109;set=ALL12 21 33041230 rs17880487 C T 2112.53 PASS AC=41;AF=0.0445;AN=922;BaseQRankSum=0.006;BaseQRankSumZ=2.977;DB;DP=2471;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1509;MQ=110.68;MQ0=0;MQRankSum=1.954;MQRankSumZ=0.352;QD=10.67;ReadPosRankSum=5.272;ReadPosRankSumZ=-0.533;SB=-1384.52;VQSLOD=8.0599;set=ALL12 21 33041263 . T A 150.88 PASS AC=4;AF=0.00375;AN=1068;BaseQRankSum=6.590;BaseQRankSumZ=-0.775;DP=2901;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.1260;MQ=122.78;MQ0=0;MQRankSum=2.007;MQRankSumZ=0.332;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.324;ReadPosRankSumZ=0.635;SB=-118.92;VQSLOD=5.6508;set=ALL12 21 33041352 . A T 86.23 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=706;BaseQRankSum=34.484;BaseQRankSumZ=-3.385;DP=1980;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.1724;MQ=102.40;MQ0=0;MQRankSum=1.572;MQRankSumZ=0.514;QD=12.07;ReadPosRankSum=4.065;ReadPosRankSumZ=-0.274;SB=0.74;VQSLOD=5.9545;set=ALL12 21 33041504 . G A 5.97 TruthSensitivityTranche99.89to99.90 AC=1;AF=0.00092;AN=1082;BaseQRankSum=19.315;BaseQRankSumZ=-2.267;DP=3147;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.1720;MQ=118.38;MQ0=0;MQRankSum=3.775;MQRankSumZ=-0.204;QD=0.94;ReadPosRankSum=10.982;ReadPosRankSumZ=-1.407;SB=6.17;VQSLOD=-1.7881;set=ALL12 21 33041560 . A C 20.75 PASS AC=1;AF=0.0011;AN=920;BaseQRankSum=34.718;BaseQRankSumZ=-3.400;DP=2555;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.1899;MQ=116.04;MQ0=1;MQRankSum=0.998;MQRankSumZ=0.823;QD=2.32;ReadPosRankSum=18.554;ReadPosRankSumZ=-2.199;SB=-15.91;VQSLOD=0.4337;set=ALL12